根据职责，区环境保护局设3个职能科室：

    (一)办公室

    协调开展机关工作，组织执行机关各项规章制度，负责机关环保宣教、文书档案、会务组织及文件、文稿起草、信息调研、本局政务公开工作：负责信访、群众举报和“两会”提案、建议的答复工作；负责重大环境污染事故纠纷的情况通报和联络工作；负责机关人事、劳资、保卫、安全、接待等后勤服务工作；参与拟订全区经济和社会发展规划、国土开发整治规划、区域经济开发规划；归口管理环境保护补助资金、科技设备资金、污染治理资金；负责办理污染治理贷款的豁免和排污收费票据的管理：负责局机关财务报帐。

   （二)法规综合管理科

    规范执法行为，实施或受理管辖权限内环境违法行为的立案审查、组织听证行政处罚、文书制定和审核以及申请法院强制执行。组织本局行政处罚听证和被申请复议、行政诉讼、行政赔偿的应诉工作。实行行政执法责任制和实施行政执法、处罚监督。实施全区环境综合整治定量考核工作；负责“爱卫”检金中的环保考核工作。负责全区的环境污染预防和控制工作：负责污染物总量控制。监督管理限期治理项目，组织污染治理贷款项目的竣工验收。检查和验收“三同时”制度的实施，负责权限内的基本建设项目和技改项目的审批。负责烟控区、噪声达标区的创建、巩固、监管。负责排污许可证的发放、年审以及湘江水源和浏阳河水源的保护。负责对辖区单位排放废水、废气、废渣、噪声和其他公害进行监管，负责污染事故和污染纠纷的处理。

    (三)科技监测自然保护科

    编制环境保护科学技术发展规划、计划；组织科技攻关，科技项目的研讨，开展科技咨询服务，推广环保实用技术；负责对获得国际环境保护管理体系(IS014000)认证和环境标志认证等资质实施情况的监察；负责贯彻执行国家和地方环境标准；负责管理区辖范围内环境科学监测工作，负责监测质量控制：负责组织、健全区辖范围内环境监测网络，配合上级环保部门建立环境数据信息局域网；负责年度环境统计。


    二级机构

   区环境监察大队：受局授权委托对环境保护现场执法和依法征收排污费。 

    区环境监测站：受委托对环境污染定量定性监测及分析。依法对辖区内环境质量实行监测和为环境纠纷提出法律分析数据。